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1. 分辨率
分辨能力是電子顯微鏡的一個重要指標。電子顯微鏡的分辨能力用它所能分辨的相鄰兩點間的小距離來表示，稱為儀器的高點分辨力：d=δ。顯然，分辨率越高，即d值（長度單位）越小，儀器能分辨的細節越多，被觀察物體的細節越豐富，即分辨力越強本儀器的功率或分辨力。
分辨率與穿過樣品的電子束的入射錐角和波長有關。可見光的波長約為300～700納米，電子束的波長與加速電壓有關。根據波粒二象性原理，高速電子的波長比可見光的波長短，顯微鏡的分辨率受所用波長的限制，所以電子顯微鏡的分辨率（0.2nm）遠高于光學顯微鏡（200 nm）。
當加速電壓為50~100kV時，電子束的波長約為0.0053~0.0037納米。由于電子束的波長遠小于可見光的波長，即使電子束的錐角只有光學顯微鏡的1%，但電子顯微鏡的分辨能力仍遠優于光學顯微鏡。光學顯微鏡。
光學顯微鏡的大放大倍數約為2000倍，而現代電子顯微鏡的大放大倍數超過300萬倍，因此可以直接觀察到一些重金屬的原子和晶體中排列整齊的原子晶格。電子顯微鏡。
2. 放大倍數
單就放大倍數而言，就是指圖像在電子顯微鏡下放大后，同一方向的圖像長度與物體實際長度的比值。這是兩條直線的比率。有些人將放大率理解為圖像與物體的面積比。這是一種誤解，必然會造成概念的混淆和計算方法和結果的混淆。
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