1，消毒機理上的區別。

次氯酸鈉的消毒機理本質與氯相同，都是水解成次氯酸發揮作用。故也將其與次氯酸鈣、氯胺、液lv消毒合并成為含氯消毒劑。二氧化氯在水中以分子形態存在，并無次氯酸的生成，因此不能以有效氯來計量。在給水消毒條件下可以直接爭奪微生物或其他有機及無機污染物的電子，生成次氯酸根。

2，殺菌效果上的區別。

次氯酸鈉殺菌效果受PH值的影響很大，在堿性環境下NaClO以次氯酸根的形態存在，殺菌效果大幅度下降。而電廠水處理水質一般均呈堿性，次氯酸鈉殺菌效果較差已成為共識。 與次氯酸鈉相比，二氧化氯在水中的擴散速度更快，在較低濃度下可以更快速地有效殺滅有機物。

3，性質上的區別。

次氯酸鈉液同水的親和性很好，能與水任意比互溶，不存在液lv、二氧化氯等藥劑的安全隱患，操作安全，使用方便，易于儲存，對環境無毒害，不存在跑氣泄漏，故可以在任意環境工作狀況下投加。二氧化氯極其不穩定，不能像次氯酸鈉那樣可以運輸，運輸中很容易發生爆炸事故，所以只有依靠現場制備。